อีกสาเหตุหนึ่งของความแตกต่างระหว่างแฝด monozygotic คือการปรับเปลี่ยน epigeneticซึ่งเกิดจากอิทธิพลของสิ่งแวดล้อมที่แตกต่างกันตลอดชีวิต Epigenetics หมายถึงระดับการทำงานของยีนใดยีนหนึ่งโดยเฉพาะ ยีนอาจเปิดปิดหรืออาจเปิดหรือปิดบางส่วนในแต่ละคน การดัดแปลง epigenetic นี้เกิดจากเหตุการณ์สิ่งแวดล้อม แฝด monozygotic สามารถมีโปรไฟล์ epigenetic ที่แตกต่างกันอย่างชัดเจน การศึกษาแฝดโมโนไซโกติก 80 คู่ที่มีอายุตั้งแต่ 3 ขวบถึง 74 ปี แสดงให้เห็นว่า ฝาแฝด ที่อายุน้อยที่สุดมีอีพิเจเนติกส์ ค่อนข้างน้อยความแตกต่าง จำนวนความแตกต่างของ epigenetic เพิ่มขึ้นตามอายุ ฝาแฝดอายุ 50 ปีมีความแตกต่างของ epigenetic มากกว่าฝาแฝดอายุ 3 ปีถึง 3 เท่า ฝาแฝดที่ใช้ชีวิตแยกจากกัน (เช่น ลูกบุญธรรมของพ่อแม่ที่แตกต่างกันสองกลุ่มตั้งแต่แรกเกิด) มีความแตกต่างมากที่สุด อย่างไรก็ตาม ลักษณะบางอย่างจะเหมือนกันมากขึ้นเมื่ออายุฝาแฝด เช่น ไอคิวและบุคลิกภาพ ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2564 งานวิจัยใหม่จากทีมนักวิจัยในไอซ์แลนด์ได้รับการตีพิมพ์ในวารสารNature Geneticsซึ่งบ่งชี้ว่าฝาแฝดที่เหมือนกันอาจไม่เหมือนกันอย่างที่คิด การศึกษาสี่ปีของแฝด monozygotic (เหมือนกัน) และครอบครัวขยายของพวกเขาเปิดเผยว่าฝาแฝดเหล่านี้มีความแตกต่างทางพันธุกรรมที่เริ่มต้นในช่วงแรกของการพัฒนาของตัวอ่อน