มนุษย์บริโภคโปรไบโอติกในรูปแบบใดรูปแบบหนึ่งมานานกว่า 100 ปี โดยมีประวัติความปลอดภัยที่ดีโดยทั่วไป การศึกษาทางระบาดวิทยาของฟินแลนด์แสดงให้เห็นว่าไม่มีการติดเชื้อแลคโตบาซิลลัสเพิ่มขึ้นในบุคคลที่มีสุขภาพดีในพื้นที่ที่มีเอกสารการ ไบโอติกส์ ใช้ผลิตภัณฑ์ที่มีแลคโตบาซิลลัสเพิ่มขึ้นจำนวนมาก มีการศึกษาการเสริมโปรไบโอติกในอาสาสมัครที่มีสุขภาพดี และข้อมูลบ่งชี้ว่าโปรไบโอติกหลายสายพันธุ์อาจเพิ่มการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันที่ไม่จำเพาะเจาะจง แต่ผลกระทบต่อการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันของเซลล์และร่างกายที่ปรับตัวได้ดูเหมือนจะเล็กน้อยอย่างไรก็ตาม มีคำถามและข้อกังวลเกี่ยวกับความปลอดภัยของการให้โปรไบโอติกในการเจ็บป่วยที่รุนแรง การติดเชื้อจากโปรไบโอติกเป็นภาวะแทรกซ้อนที่น่ากลัวที่สุดที่เกี่ยวข้องกับการให้โปรไบโอติกแลคโตบาซิลลัสเป็นสาเหตุของเยื่อบุหัวใจอักเสบที่หายาก แต่มีเอกสารบันทึกไว้ในผู้ใหญ่การแพร่กระจายนี้คิดว่าเกิดจากการปนเปื้อนของสายสวนส่วนกลางในผู้ป่วยที่ได้รับการผ่าตัดลำไส้ หรือโรคเรื้อรัง โรคลิ้นหัวใจ และผู้ที่มีภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่อง มีเพียงกรณีเดียวของการติดเชื้อโปรไบโอติกที่คิดว่าเป็นอันตรายถึงชีวิตโดยตรงการทดลองแบบสุ่ม ปกปิดสองทาง ควบคุมด้วยยาหลอกได้ดำเนินการโดยใช้โปรไบโอติก