การปรากฏตัวหรือการหายไปของสัตว์มักจะเป็นรอยต่อระหว่างช่วงเวลา คาร์บอนิเฟอรัสถูกแยกออกจากดีโวเนียน ยุค ก่อนโดยการปรากฏตัวของคอนโดดอนต์Siphonodella sulcataหรือSiphondella duplicata Conodonts เป็นซากดึกดำบรรพ์ที่มีลักษณะคล้ายฟันหรือกรามของปลาไหลดึกดำบรรพ์หรือปลาแฮกฟิช ขอบเขตของคาร์บอนิเฟอรัส-เพอร์เมียนนั้นแตกต่างกันโดยการปรากฏตัวของ fusulinid foram Sphaeroschwagerina fusiformisในยุโรปและPseudoschwagerina beedeiในอเมริกาเหนือ Fusulinids เป็นยักษ์ในหมู่ผู้ประท้วงและอาจยาวถึงเซนติเมตร ยุคคาร์บอนิเฟอรัส พวกมันมีอยู่มากพอที่จะก่อตัวเป็นก้อนขนาดใหญ่ที่เรียกว่า หินข้าว เนื่องจากมีความคล้ายคลึงกันระหว่างฟูซูลินิดกับเมล็ดข้าว ระบบย่อยมิสซิสซิปปีแตกต่างจากเพนซิลเวเนียโดยการปรากฏตัวของ conodont Declinognathodus noduliferusสกุลแอมโมนอยด์Homocerasและ foraminifers Millerella pressaและMillerella Marblensisแม้ว่าเครื่องหมายเหล่านี้ใช้กับแหล่งสะสมในทะเลเท่านั้น ความแตกต่างระหว่างระบบย่อยมิสซิสซิปปีและเพนซิลวาเนียอาจแสดงให้เห็นได้จากการแตกแยกของพืชเนื่องจากการเปลี่ยนแปลงในช่วงเปลี่ยนผ่านจากทะเลเป็นสภาพแวดล้อมบนบก การแบ่งชั้นของแม่น้ำมิสซิสซิปปีนั้นแตกต่างจากหินปูนน้ำตื้น หินปูนเหล่านี้บางส่วนประกอบด้วยส่วนต่างๆ ของสิ่งมีชีวิต โดยส่วนใหญ่เป็นซากของไครนอยด์ที่อาศัยอยู่ในทะเลน้ำตื้น หินปูนชนิดอื่นๆ ได้แก่ หินโคลนปูนขาว ซึ่งประกอบด้วยโคลนคาร์บอเนตที่เกิดจากสาหร่ายสีเขียว และหินปูนประเภทหินที่ประกอบด้วยแคลเซียมคาร์บอเนตในทรงกลมศูนย์กลางซึ่งผลิตโดยพลังงานคลื่นสูง นอกจากนี้ยังพบในชั้นหิน Mississippian แม้ว่าจะไม่เหมือนกัน แต่ก็เป็นหินทราย (หินตะกอนที่ประกอบด้วยทรายควอทซ์และประสานด้วยซิลิกาหรือแคลเซียมคาร์บอเนต) และหินทรายแป้ง (หินที่ประกอบด้วยตะกอนแข็ง)