นอกจากการค้นพบที่ครอบคลุมแล้ว การวิเคราะห์ยังพบว่า Jomon ยังคงมีจำนวนประชากรที่มีประสิทธิภาพขนาดเล็กประมาณ 1,000 คนในช่วงหลายพันปี โดยมีความแตกต่างอย่างลึกซึ้งจากประชากรในทวีปที่มีอายุตั้งแต่ 20,000-15,000 ปีที่แล้ว ซึ่งเป็นช่วงเวลาที่ญี่ปุ่นกลายเป็นมากขึ้น ประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น ทางภูมิศาสตร์ที่โดดเดี่ยวผ่านระดับน้ำทะเลที่สูงขึ้น หมู่เกาะญี่ปุ่นสามารถเข้าถึงผ่านคาบสมุทรเกาหลีได้ในช่วงเริ่มต้นของ Last Glacial Maximum เมื่อประมาณ 28,000 ปีก่อน ทำให้สามารถเคลื่อนย้ายระหว่างกันได้ และการขยายช่องแคบเกาหลีเมื่อ 16,000 ถึง 17,000 ปีก่อนเนื่องจากระดับน้ำทะเลที่สูงขึ้นอาจนำไปสู่การแยกเชื้อสาย Jomon ออกจากส่วนที่เหลือของทวีปในภายหลัง กรอบเวลาเหล่านี้ยังสอดคล้องกับหลักฐานการผลิตเครื่องปั้นดินเผาโจมงที่เก่าแก่ที่สุดอีกด้วย