อาหารสามารถปนเปื้อนได้ในทุกขั้นตอนระหว่างการผลิต การแปรรูป หรือการปรุงอาหาร ตัวอย่างเช่น สามารถปนเปื้อนได้โดย ปรุงอาหารไม่ทั่วถึง (โดยเฉพาะเนื้อ) อาหารเป็นพิษ จัดเก็บอาหารที่ต้องแช่เย็นที่อุณหภูมิต่ำกว่า 5 องศาเซลเซียสไม่ถูกต้อง ทิ้งอาหารปรุงสุกไว้ที่อุณหภูมิอุ่นนานเกินไป